کلاینت PuTTY SSH برای ویندوز از فرمت کلید مشابه با کلاینت OpenSSH استفاده نمیکند. اگر میخواهید از PuTTY استفاده کنید، باید یک کلید عمومی و خصوصی جدید SSH با استفاده از ابزار PuTTYgen ایجاد یا یک کلید خصوصی OpenSSH موجود را تبدیل کنید. برای ایجاد و استفاده از کلیدهای SSH در ویندوز، باید PuTTY، ابزاری که برای اتصال به سرورهای ریموت از طریق SSH استفاده میشود و PuTTYgen، ابزاری که برای ایجاد کلیدهای SSH استفاده میشود، دانلود و نصب نمائید.